重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2
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重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2 | |
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SARS-CoVの-2の電子顕微鏡写真ビリオン可視とcoronae | |
SARS-CoV-2ビリオンの図 | |
ウイルス分類 | |
(ランクなし): | ウイルス |
レルム: | リボビリア |
門: | Mamkaev |
注文: | ニドウイルス |
家族: | コロナウイルス科 |
属: | Betacoronavirus |
亜属: | サルベコウイルス |
種: | |
ひずみ: |
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)、[1] [2]以前は仮名で 知られていた2019新規コロナウイルス(2019-nCoV)、[3] [4] [5]はポジティブセンスシングル二本鎖RNAウイルス。[6] [7]それはヒトに伝染し、進行中の2019-20コロナウイルスの大流行の原因であり、コロナウイルス病2019(COVID-19)の流行であり、国際懸念の公衆衛生緊急事態に指定されました。 世界保健機関(WHO)。[8] [9]
SARS-CoV-2は、コウモリのコロナウイルスと密接な遺伝的類似性を持ち、それが起源と思われます。[10] [11] [12]パンゴリンなどの中間貯留層も、ヒトへの導入に関与していると考えられています。[13] [14]からの分類学的観点SARS-CoVの-2がされている分類として歪み種の重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス(SARSr-CoVの)。[1]
歪みが最初に発見されたため、武漢、中国、それは時々 、「武漢コロナウイルス」と非公式に呼ばれている[15] [16]ものの、世界保健機関の場所に基づいて名前の使用を阻止します()。[17]病気SARSとの混同を避けるために、WHOは公衆衛生上のコミュニケーションでこのウイルスを「COVID-19の原因となるウイルス」と呼ぶことがある。[18]
ウイルス学
感染
SARS-CoV-2のヒトからヒトへの伝播は、2019–20年のコロナウイルスの大流行中に確認されました。[9]伝播は、主に約6フィート(1.8 m)の範囲内の咳やくしゃみからの呼吸液滴を介して発生します。[19] [20]汚染された表面を介した間接接触は、感染の別の考えられる原因です。[21]ウイルスRNAは、感染した患者の糞便サンプルでも発見されています。[22]
潜伏期間中であってもウイルスが感染する可能性はありますが、これは証明されていません[23]および世界保健機関(WHO)は、2020年2月1日にこの時点で。[24]したがって、ヒトのほとんどの感染症は、コロナウイルス病2019の症状を示す被験者からの感染の結果であると考えられています。
貯水池
SARS-CoV-2株の最初の既知の感染は、中国の武漢で発見されました。[10]ヒトへのウイルス感染の元の原因は不明のままです。[25] [26] [27]しかし、の起源の研究2003年SARSの流行は、多くの発見をもたらしたSARSのようなバットコロナウイルス、最も発信元Rhinolophusの属馬蹄バット。Rhinolophus sinicusから採取したサンプルで見つかった2つのウイルス核酸配列は、SARS-CoV-2と80%の類似性を示しています。[12] [28] [29]からの第三のウイルス核酸配列 雲南省で収集された Rhinolophus affinisは、SARS-CoV-2と96%類似しています。[10] [30] WHOは、コウモリをSARS-CoV-2の最も自然な貯水池と考えています。[31]
2019年に公開されたメタゲノム研究では、SARSを引き起こすウイルスの株であるSARS-CoVがマレーパンゴリンのサンプルの中で最も広く分布しているコロナウイルスであることが以前に明らかにされました。[32] 2020年2月7日に、広州の研究者がSARS-CoV-2と「99%同一」のウイルス核酸配列を持つパンゴリンサンプルを発見したことが発表されました。[33]リリースすると、結果は「新しく発見されたPangolin-CoVのSタンパク質の受容体結合ドメインは2019-nCoVのそれと事実上同一であり、1つのアミノ酸の違いがある」ことを明らかにしました。[34]センザンコウは中国の法律で保護されていますが、 伝統的な漢方薬で使用する密猟と取引は依然として一般的です。[35]
テキサスの微生物学者と遺伝学者は、コロナウイルスの再集合の証拠を独自に発見し、SARS-CoV-2の起源にパンゴリンが関与していることを示唆しています。[36]彼らは、他の哺乳類の継続的な検査を促す一方で、未知の要因が残っていることを認めた。[36]
系統学と分類学
NCBIゲノムID | MN908947 |
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ゲノムサイズ | 29,903塩基 |
完成年 | 2020 |
SARS-CoV-2は、コロナウイルスとして知られる広範なウイルスファミリーに属しています。これは、プラスセンス一本鎖RNA(+ ssRNA)ウイルスです。他のコロナウイルスは、風邪から中東呼吸器症候群(MERS)などのより重症の病気に至るまでの病気を引き起こす可能性があります。229E、NL63、OC43、HKU1、MERS-CoV、および元のSARS-CoV に続いて、人々に感染する7番目のコロナウイルスです。[37]
2003年のSARSアウトブレイクに関係するSARS関連コロナウイルス株と同様に、SARS-CoV-2はサルベコウイルス亜属(ベータCoV系統B)のメンバーです。[38] [39] [40]そのRNA配列の長さは約30,000 塩基です。[7] SARS-CoV-2は、他のウイルスの病原性と伝染性を高めることが知られている多塩基性切断部位の組み込みにおいて、既知のベータコロナウイルスの中でもユニークです。[41] [42] [43]
十分な数のシーケンスされたゲノムを使用すると、ウイルスのファミリーの突然変異履歴の系統樹を再構築することが可能です。2020年1月12日までに、SARS-CoV-2の5つのゲノムが武漢から分離され、中国疾病管理予防センター(CCDC)およびその他の機関によって報告されました。[7] [44]ゲノムの数は2月11日2020年までに81に増加した[45]これらのサンプルの系統発生分析は、それらが「高度に対して最も7つの変異に関連付けされた示された共通の祖先が最初のヒトを意味します、」感染は2019年11月または12月に発生しました。[45]
2020年2月11日、国際ウイルス分類委員会(ICTV)は、5つの保存された核酸配列に基づいてコロナウイルス間の階層関係を計算する既存の規則に従って、当時の2019-nCoVと2003年のSARS流行からのウイルス株は、それを別のウイルス種にするのに不十分でした。したがって、彼らは2019-nCoV を重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルスの株として特定しました。[1]
構造生物学
各SARS-CoV-2 ビリオンの直径は約50〜200 ナノメートルです。[46]他のコロナウイルスと同様に、SARS-CoV-2にはS(スパイク)、E(エンベロープ)、M(膜)、N(ヌクレオカプシド)タンパク質として知られる4つの構造タンパク質があります。Nタンパク質はRNAゲノムを保持し、S、E、およびMタンパク質が一緒になってウイルスエンベロープを作成します。[47]スパイクタンパク質は、ウイルスを宿主細胞の膜に付着させる役割を果たします。[47]
ウイルスのスパイクタンパク質に関するタンパク質モデリング実験は、SARS-CoV-2がヒト細胞のアンジオテンシン変換酵素2(ACE2)受容体に十分な親和性を持ち、細胞侵入のメカニズムとして使用できることをすぐに示唆しました。[48] 2020年1月22日までに、完全なウイルスゲノムを扱う中国のグループと、逆遺伝学法を独立して使用する米国のグループが、ACE2がSARS-CoV-2の受容体として作用できることを実証しました。[10] [49] [50] [51] [52] [53]研究により、SARS-CoV-2は元のSARSウイルス株よりもヒトACE2に対する親和性が高いことが示されています。[54]Sタンパク質の原子レベルの画像は、極低温電子顕微鏡を使用して作成されました。[54] [55]
SARS-Cov-2は、宿主細胞からの新しいビリオンの普及を促進し、免疫応答を阻害する少なくとも3つの毒性因子を産生します。[47]
疫学
主な記事:2019–20コロナウイルスの発生 |
知られているSARS-CoVの-2の間で出展低い変動に基づいてゲノムシーケンス、株は後半に2019年にヒトの集団の中でその出現の数週間以内に保健当局によって検出されたと考えられている[56] [25]ウイルスが、その後スプレッド中国のすべての州と、アジア、ヨーロッパ、北米、南アメリカ、アフリカ、オセアニアの他の100以上の国々に。[57]これらすべての地域で、ウイルスのヒトからヒトへの感染が確認されています。[9] [58] [59] [60] [61] [62] 2020年1月30日に、SARS-CoV-2はWHOによって国際懸念の公衆衛生緊急事態に指定されました。[8][63]
2020年3月9日(UTC 16:15)時点で、110,362件の [64]が確認された感染症例があり、そのうち80,735 [64]は中国本土内でした。感染症の割合が診断可能な疾患に確認され、感染または進行中の結果は不明のままであることが、[65]確認感染がはるかに低かったとき、1つの数学的モデルは、一度に、一人で2020年1月25日のように75815で武漢に感染した人の数を推定しました。[66]ウイルスに起因する死亡の総数は、2020年3月9日(16:15 UTC)の時点で3,892 [64]でした。すべての死亡者の75%以上が武漢のある湖北省で発生しています。[57]
ウイルスの基本的な複製数()は1.4〜3.9であると推定されています。[67] [68] [69] [70]これは、予防措置が講じられていない場合、ウイルスからの各感染が1.4から3.9の新しい感染をもたらすと予想されることを意味します。