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重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2  

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重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2   

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重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2
 
SARS-CoV-2 ビリオンの電子顕微鏡写真 
 
SARS-CoV-2ビリオンの図
ウイルス分類e
（ランクなし）： ウイルス
レルム： リボビリア
門： Mamkaev
注文： ニドウイルス
家族： コロナウイルス科
属： Betacoronavirus
亜属： サルベコウイルス
種：
重度の急性呼吸器症候群に関連するコロナウイルス
ひずみ：
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2
 
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2
武漢、中国、唯一の記録された発生の中心
同義語

2019-nCoV

重度の急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）、[1] [2]以前は2019-nCoVという名前の新規コロナウイルス、[3] [4]はプラスセンス一本鎖RNAウイルスです。[5] [6] [7]これはヒトに伝染性であり、2019年のコロナウイルス病の原因です（COVID-19）。[8]         

SARS-CoV-2は、コウモリのコロナウイルスと強い遺伝的類似性があり、それが起源である可能性が高い[9] [10] [11]。しかし、パンゴリンなどの中間貯留層が関与すると考えられています。[12] [13]分類学的観点から、SARS-CoV-2は重度の急性呼吸器症候群に関連するコロナウイルス種の株として分類されます。[1]   

SARS-CoVの-2は、現在進行中の原因である2019から20のコロナウイルスの流行、公衆衛生の緊急国際の懸念に由来武漢、中国。[14]この関係のため、このウイルスはニックネームの中でも非公式に「武漢コロナウイルス」と呼ばれることがあります。[15] [16]

名前 

進行中の2019-20コロナウイルスの発生中、世界保健機関（WHO）は当初、ウイルスを参照するために一時的な指定 "2019-nCoV"（2019新規コロナウイルス）の使用を推奨しました。しかし、これは公式名の不在が不利な非公式名の使用につながる可能性があるという懸念につながり、一般的な用語では、ウイルスはしばしば「新しいコロナウイルス」、「武漢コロナウイルス」、または単に「コロナウイルス」と呼ばれました。[17] [18] 2015年、WHOのウイルスと疾病の命名に関するガイドライン、   [17]

2020年2月11日に、ICTVは、「重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2」（SARS-CoV-2）という名前を導入して、以前2019-nCoVとして知られていたウイルス株を指しました。[1]同じ日に、WHOはウイルス株によって引き起こされる病気を「2019-nCoV急性呼吸器疾患」からコロナウイルス病2019（COVID-19）に正式に改名しました。[20] [2]

ウイルス学 

感染 

ウイルスの人から人への感染が確認されており[8]、主に約6フィート（1.8 m）の範囲内の咳やくしゃみからの呼吸液滴を介して発生します。[21] [22]ウイルスRNAは、感染した患者の糞便サンプルでも発見されています。[23]

ウイルスがさえ中に感染され得ることが可能である潜伏期間が、これは証明されていない、[24] 、これで「無症候性例からの送信は可能性の高い伝送の主要なドライバーではない」ことを2020年2月1日に述べました時間。[25]

貯水池 

ウイルスに感染したことが最初に発見された人の多くは華南シーフード市場の労働者であったため、食料用に販売された動物はもともとSARS-CoV-2の貯蔵所または中間宿主であると疑われていました。[26]生きた動物を食料として販売する市場も2003年のSARS発生で非難された。そのような市場は、新規病原体のインキュベーターと見なされます。[27]この発生により、中国での野生動物の取引と消費が一時的に禁止されました。[28] [29]しかし、一部の研究者は、Huanan Seafood Marketがヒトへのウイルス伝播の元のソースではないかもしれないと示唆しています。[30] [31]

2003年のSARSアウトブレイクの起源に関する研究により、多くが馬蹄形コウモリのRhinolophus属に由来する多くのSARSに似たコウモリコロナウイルスが発見されました。2015年と2017年に公開されたRhinolophus sinicusの 2つのウイルス核酸配列は、SARS-CoV-2と80％の類似性を示しています。[32] [33] [11]雲南省で収集されたRhinolophus affinisの 3番目のウイルス核酸配列「RaTG13」は、SARS-CoV-2と96％の類似性があります。[9] [34]比較のために、ウイルス間のこの変動量は、10年間に観察された突然変異の量に類似している          H3N2ヒトインフルエンザウイルス株。[35]

広州の研究者は、パンゴリンのサンプルで「99％同一」のウイルス核酸配列を発見したと主張しています。[36] 2020年2月12日現在、シーケンスは利用できず、すべての情報は大学の発表から取得されます。[37]センザンコウは中国の法律で保護されていますが、センザンコウの密猟や伝統医学への取引は一般的です。2019年に公開されたメタゲノム研究では、SARS-CoVがマレーパンゴリンのサンプルの中で最も広く分布しているコロナウイルスであることが以前に明らかにされました。[38]テキサスの微生物学者および遺伝学者 SARS-CoV-2のパンゴリン起源を示唆するコロナウイルスの組換えの証拠を独自に発見した; 彼らは他の哺乳類の継続的な検査を促す一方で、未知の要素が残っていることを認めた。[39]

系統学と分類学 

ゲノム情報
 
 SARS-CoV-2のゲノム構成
NCBIゲノムID MN908947
ゲノムサイズ 29,903塩基
完成年 2020

SARS-CoV-2は、コロナウイルスとして知られる広範なウイルスファミリーに属しています。これは、プラスセンス一本鎖RNA（+ ssRNA）ウイルスです。他のコロナウイルスは、風邪から中東呼吸器症候群（MERS）などのより重症の病気に至るまでの病気を引き起こす可能性があります。229E、NL63、OC43、HKU1、MERS-CoV、および元のSARS-CoV に続いて、人々に感染する7番目のコロナウイルスです。[40]

2003年のSARS発生に関係するSARS関連のコロナウイルス株と同様に、SARS-CoV-2はサルベコウイルス亜属（ベータCoV系統B）のメンバーです。[41] [26] [42]そのRNA配列の長さは約30,000 塩基です。[7]

十分な数のシーケンスされたゲノムを使用すると、ウイルスのファミリーの突然変異履歴の系統樹を再構築することが可能です。2020年1月12日までに、武漢からSARS-CoV-2の5つのゲノムが分離され、中国疾病管理予防センター（CCDC）およびその他の機関によって報告されました。[7] [43] 2020年2月11日までにゲノム数は81に増加した。[44]サンプルの系統発生分析は、それらが「共通の祖先と比較して最大で7つの突然変異と非常に関連がある」ことを示し、感染は2019年11月または12月に発生しました。[44]

2020年2月11日に、ICTVは、5つの保存された核酸配列に基づいてコロナウイルス間の階層関係を計算する既存の規則に従って、2019-nCoVと呼ばれていたものと2003 SARSアウトブレイクからのウイルス株との違いは不十分であったと発表しました別のウイルス種にする。したがって、彼らは2019-nCoVを重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルスの株として特定しました。[1]

構造生物学 

 

参照：オープンリーディングフレーム
M（pro）プロテアーゼのリボン図、SARS-CoV-2に対する抗ウイルス薬の有望なターゲット 
 M（pro）プロテアーゼのリボン図、SARS-CoV-2に対する 抗ウイルス薬の有望なターゲット

 ウイルスのスパイク（S）タンパク質に関するタンパク質モデリング実験は、細胞侵入のメカニズムとしてそれらを使用するために、ヒト細胞のアンギオテンシン変換酵素2（ACE2）受容体に対して十分な親和性があることを示唆しています。[45] 2020年1月22日に、完全なウイルスゲノムを扱う中国のグループと、逆遺伝学的手法を独立して使用する米国のグループが、ACE2がSARS-CoV-2の受容体として作用できることを実証しました。[46] [47] [48] [49] SARS-CoV-2は、元のSARSウイルス株よりもヒトACE2に対して高い親和性を有することが示されています。[50] Sタンパク質の原子レベルの画像は、極低温電子顕微鏡法。[51] [52]

潜在的なプロテアーゼ阻害剤を探すために、ORF1a ポリタンパク質のウイルス3C様プロテアーゼ M（pro）も薬物ドッキング実験用にモデル化されています。イノフォアはSARS プロテアーゼに基づいた2つの計算モデルを作成し[53]、中国科学院は組換え 2019-nCoVプロテアーゼの未発表の実験構造を作成しました。[54]さらに、研究者は、I-TASSERとSwiss-modelを使用して、SARS-CoV-2ゲノムのすべての成熟ペプチドの構造をモデル化しました。[55] [56]           

SARS-CoV-2のデジタルカラー電子顕微鏡写真
  • ヒト細胞から出現したSARS-CoV-2（黄色）
    ヒト細胞から出現したSARS-CoV-2（黄色）

疫学 

 

主な記事：2019–20コロナウイルスの発生

株による最初の既知のヒト感染が12月上旬2019年に発生した[57] [30] SARS-CoVの-2の増殖が最初に12月中旬2019年、武漢、中国で検出された、単一感染した動物からの可能性が起点。[30]その後、ウイルスは中国のすべての州に広がり、アジア、ヨーロッパ、北米、アフリカ、およびオセアニアの他の20以上の国にも広がりました。[58]ウイルスのヒトからヒトへの拡散は、アフリカを除くこれらの地域すべてで確認されています[8] [59] [60] [61]。[62] 2020年1月30日に、SARS-CoV-2はWHOによって国際懸念の公衆衛生緊急事態に指定されました。[14] [63]

2020年2月20日（UTC 15:30）時点で、確認された感染事例は77,923件あり、そのうち76,291件は中国本土内でした。[58] 1つの数学的モデルは、2020年1月25日現在、武漢だけで感染した人の数を75,815人と推定した。[64]中国以外のほとんどすべての症例は、武漢から旅行したか、旅行した人と直接接触した人々で発生したエリアから。[65] [66]確認された感染または診断可能な疾患への進行をもたらす感染の割合は不明のままであるが、[67] [68] 2020年2月22日（15:15）のウイルスによる死者の総数は2,362人UTC）; すべての死亡の95％以上が湖北省、[58]武漢がある。

ウイルスの基本的な複製数（、R-noughtまたはR-zeroと発音）[69]は、1.4〜3.9であると推定されています。[70] [71] [72] [73]これは、未チェックの場合、ウイルスは通常、確立された感染ごとに1.4〜3.9件の新規症例をもたらすことを意味します。ウイルスが少なくとも4人の連鎖に沿って伝染できることが確立されています。[74] 2020年2月19日のように、感染の致死率（IFR）の推定値は0.3％から1％までの範囲、および確認症例致死率中国内（CFR）は2.3％です。[75]        

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参考文献 

外部リンク 

分類
ウィキメディアコモンズには、SARS-CoV-2に関連するメディアがあります。
ウィキスペックスには、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2に関する情報があります
感染症–ウイルス性全身性疾患（A80–B34、042–079）
2019 – 20年のコロナウイルスの発生

 

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